Análisis Evolución COVID-19 en Chile: mayo 2020
31 de mayo, 2020
Tests
La fuerte alza en el Nº de tests con una leve alza en el % de sintomáticos, respecto de las dos observaciones anteriores, sugiere que si ya estamos en el peak, entonces éste seguirá extendiéndose. Es bueno haber podido incrementar el volumen de tests y esperamos que en los días siguientes se mantenga este volumen al menos en torno a los 20.000 mientras el % de positivos no supere el 25%.
Tendencia de mortalidad de Chile vuelve a subir en últimos 3 días. Era lo que proyectábamos ya hace días (ver proyecciones), siendo que aún no alcanzamos el peak de muertes diarias (que esperamos suceda a mediados de junio).
Proyecciones al 31 de mayo
Peak de sintomáticos
Asumiendo que ya estamos en el peak de sintomáticos diarios (a juzgar por los números observados durante los últimos 10 días ésta sería una hipótesis razonable), aunque sin saber aún cuánto durará, también parece razonable suponer que éste no pasará del 4 de junio, en la medida de que mantengamos la cuarentena de la RM al menos por 4 semanas desde su inicio, y ojalá 5 (para así asegurar una caída post-peak más pronunciada. Analizaré el impacto de la forma de la curva de caída de los sintomáticos más adelante).
Peak camas UCI y ventiladores
Asumiendo una caída post-peak lineal de los sintomáticos diarios hasta 60 días después de concluido el peak, alcanzando un valor residual de 10% del valor promedio de las últimas 10 observaciones en el peak, los peaks de necesidades de ventiladores y camas UCI se situarían entre 6.000 y 6.500, y entre 7.200 y 7.700 respectivamente , ambos a mediados de julio. Esto sin considerar el beneficio de la oxigenoterapia, que como hemos mencionado previamente, está reduciendo fuertemente las necesidades tanto de ventiladores como de camas UCI, efecto que ya estamos viendo al comparar las últimas observaciones reales con las proyecciones: las proyecciones están ahora sobrestimando las necesidades de ventiladores y camas UCI, lo que es una buena noticia.
Peak de muertes diarias y proyección de muertes acumuladas
Lamentablemente nuestro modelo con los supuestos indicados aquí proyecta que las muertes acumuladas a fines de julio estarían alcanzando un valor esperado de 7.800, con un peak de muertes diarias ocurriendo durante la tercera semana de junio (entre 100 y 180 muertes diarias).
30 de mayo, 2020
Tests
El % de sintomáticos se ha mantenido fluctuando en el rango 20% a 30% durante 11 días consecutivos, posible señal de que ya estamos en el peak. Si así fuese la pregunta del millón ahora sería ¿cuánto durará el peak?
COVID-19: Evolución muertes / M de habitantes LATAM vs mundo al 30-May
Proyecciones al 30 de mayo
Asumiendo que el peak de sintomáticos termina el 31 de mayo (con un valor igual al promedio de los últimos 10 dias) y que nos demoramos 50 días en reducir el Nº de nuevos sintomáticos diarios en forma lineal hasta a un 10% de su valor (valor "residual"), el peak de necesidad de camas UCI sería de alrededor de 6.400-6.700 hacia fines de julio, el peak de necesidad de ventiladores sería de entre 5.100 y 5.600 a principios de julio, y estaríamos llegando a 7.000 muertes acumuladas al 31 de julio.
¿Cómo impactan el largo del peak y el tiempo que demore llegar al nivel residual de sintomáticos en la mortalidad esperada de aquí al 31 de julio?
En resumen, de acuerdo al modelo de pronóstico ajustado a las 14 últimas observaciones (ver https://sergiomendoza-covid.blogspot.com/2020/05/introduccion-al-blog-covid-19-chile.html):
a) cada semana adicional de peak de sintomáticos nos costaría entre 400 y 800 muertes adicionales al 31 de julio, y
b) cada 10 días adicionales que nos demore reducir los sintomáticos a un 10% de su valor promedio en el peak nos costaría entre 150 y 500 muertes adicionales al 31 de julio.
Es importante tener presente que hay algunos supuestos relevantes que están implícitos en el modelo de pronóstico de muertes y que podrían estar introduciendo errores relevantes en la proyección. Estos son:
1) la letalidad de los sintomáticos es relativamente constante en el tiempo;
2) los tests diarios identifican a un porcentaje relativamente constante en el tiempo de los nuevos sintomáticos diarios.
3) la caída de sintomáticos diarios desde el término del peak hasta el residual (que suponemos igual a un 10% del promedio en el peak) es lineal.
Si el sistema de salud colapsara, tendríamos un quiebre en el primer supuesto, que nos llevaría a estar subestimando la tasa de letalidad.
Por otro lado, las políticas de testeo no sólo cambian en el tiempo, sino que además es muy improbable que estén identificando a un porcentaje constante de los nuevos sintomáticos diarios. Esto quiebra el segundo supuesto, lo que nos podría estar llevando a sobrestimar o subestimar la tasa de letalidad en el tiempo.
Respecto del tercer supuesto, un modelo de caída lineal de los sintomáticos diarios después del peak no es algo irrealista, por el contrario, éste fue el caso de la curva de nuevos casos diarios registrados en Italia por ejemplo:
No obstante, un caso de mucho mejor comportamiento en la curva de nuevos casos diarios post-peak fue el de Alemania, que los llevó a estabilizar la mortalidad en un Nº mucho menor que el de Italia:
¿Cuánto podría mejorar nuestra mortalidad si lográramos una caída más que lineal en la curva de sintomáticos?
29 de mayo, 2020
Tests
Fuerte baja de porcentajes de positivos y sintomáticos, volviendo a niveles del 21 de mayo con similar Nº de tests. Sin conocer en detalle la política con la que se seleccionan las muestras para testear no sabemos si esto refleja real desaceleración en tasas de contagio o no. Es de esperar que sí, dado que ya han pasado dos semanas de iniciada la cuarentena total en la RM y otras comunas, pero debemos esperar más observaciones para confirmar o descartar la hipótesis.
COVID-19: Evolución muertes / M de habitantes LATAM vs mundo al 29-May
Proyecciones al 29 de mayo
¿Qué sucedería si el peak fuese el 4 de junio en vez del 28 de mayo?
Si el peak de sintomáticos se desplazara una semana, esto es al 4 de junio (desde el 28 de mayo, que es el supuesto con el que hemos hecho las proyecciones hasta ahora), y que la cuarentena se extendiera por 5 semanas (este supuesto solamente apunta a sostener la hipótesis de que la curva de contagios se mantendrá bajando durante este período; si la cuarentena se levantara antes se haría menos sostenible esta hipótesis y los pronósticos más inciertos.), el pronóstico de peak de camas UCI subiría a aproximadamente 7.100-7.450, y el de ventiladores a 5.750-6.200, hacia fines de junio - inicios de julio. Estos requerimientos parecen inabordables, pero no consideran el potencial aporte de la oxigenoterapia, que podría reducir estos números en varios miles.
Creo que la observación de mañana 30 de mayo será clave para confirmar o rechazar la hipótesis de desplazamiento del peak.
NOTAS:
-utilizando el nuevo modelo de proyección de muertes diarias, bajo los supuestos de las proyecciones de hoy las muertes acumuladas se empinarían por sobre las 3.600 hacia el 20 de junio.
-vemos hoy una leve baja en la tendencia de uso de respiradores, lo que probablemente responde a la introducción de oxigenoterapia.
28 de mayo, 2020
Tests
Los porcentajes de tests positivos y sintomáticos retroceden a niveles de la muestra del 25 de mayo, con similar volumen de tests. Es una buena señal, pero "una golondrina no hace verano"...
COVID-19: Evolución muertes / M de habitantes LATAM vs mundo al 28-May
Chile sigue manteniendo desde el 20 de mayo una evolución relativamente lineal de la mortalidad acumulada. Esperamos un alza relevante de la tasa media diaria de mortalidad de Chile en los próximos días producto de fuertes alzas en las tasas de nuevos sintomáticos registradas desde hace un par de semanas a la fecha.
¿Que sucedería si se desplazara el peak de sintomáticos al 4 de junio y, como respuesta, las autoridades alargaran la cuarentena a 5 semanas?
Los modelos de proyección con estos nuevos parámetros nos permiten pronosticar que el peak de necesidad de camas UCI subiría a entre aproximadamente 6.800 y 7.200 camas hacia fines de junio - inicios de julio, y que el peak de necesidad de ventiladores subiría a entre aproximadamente 5.500 y 6.000 dispositivos. Estas proyecciones no consideran el aporte potencial de la oxigenoterapia, que según los testimonios de papers y médicos que hemos leído y oído podrían reemplazar o reducir considerablemente la necesidad tanto de ventiladores (invasivos) como de camas UCI. Como referencias del potencial beneficio de las cánulas sugiero ver:
NOTA: Introduje aquí un nuevo modelo de pronóstico "causal" entrenado para proyectar la mortalidad diaria. Ver descripción en el post introductorio:
http://sergiomendoza-covid.blogspot.com/2020/05/introduccion-al-blog-covid-19-chile.html
http://sergiomendoza-covid.blogspot.com/2020/05/introduccion-al-blog-covid-19-chile.html
27 de mayo, 2020
Tests
Hoy aumenta el % de positivos y sintomáticos, a niveles de la muestra del 20 de mayo, con similar volumen de tests que el 20 de mayo. Estos % de sintomáticos sugieren que estamos dejando fuera de las muestras un importante volumen, por lo que necesitamos incrementar sustancialmente el Nº de tests para así tener mejor visibilidad, seguimiento y tratamiento temprano de estos pacientes.
COVID-19: Evolución muertes / M de habitantes LATAM vs mundo al 27-May
Observamos hoy una leve caída de mortalidad diaria respecto de la tendencia de la curva de Chile, pero probablemente ésta se revertirá en los próximos días debido a la fuerte alza de sintomáticos que se observó a partir del 13 de mayo (la mortalidad diaria está reflejando, de acuerdo al ajuste de nuestro modelo de pronóstico, la tendencia de sintomáticos de 15 días atrás).
Observamos hoy una leve caída de mortalidad diaria respecto de la tendencia de la curva de Chile, pero probablemente ésta se revertirá en los próximos días debido a la fuerte alza de sintomáticos que se observó a partir del 13 de mayo (la mortalidad diaria está reflejando, de acuerdo al ajuste de nuestro modelo de pronóstico, la tendencia de sintomáticos de 15 días atrás).
Proyecciones 27/may
Hoy baja pronóstico de necesidad de camas UCI a 4.300 - 4.550 para fines de junio. Actual capacidad de ventiladores más oxigenoterapia (asumiendo que oxigenoterapia es alternativa a ventilador, y que las capacidades disponibles se destinen 100% a pacientes COVID) alcanzaría a cubrir las necesidades hasta el 2 de junio.
Mañana 28 de mayo es la fecha que supusimos para el peak de sintomáticos con el que hemos venido trabajando el modelo de pronósticos. Tendremos que revisar y ajustar el supuesto, aunque todavía nos falta información para hacer un ajuste bien argumentado.
Hoy baja pronóstico de necesidad de camas UCI a 4.300 - 4.550 para fines de junio. Actual capacidad de ventiladores más oxigenoterapia (asumiendo que oxigenoterapia es alternativa a ventilador, y que las capacidades disponibles se destinen 100% a pacientes COVID) alcanzaría a cubrir las necesidades hasta el 2 de junio.
Mañana 28 de mayo es la fecha que supusimos para el peak de sintomáticos con el que hemos venido trabajando el modelo de pronósticos. Tendremos que revisar y ajustar el supuesto, aunque todavía nos falta información para hacer un ajuste bien argumentado.
26 de mayo, 2020
Tests
Hoy se mantienen los % de positivos y sintomáticos en torno al 30%, pero disminuye fuerte el Nº de tests, lo que nos hace perder cierta visibilidad del avance real del Nº de sintomáticos. Entonces es probable que la disminución observada en Nº de sintomáticos registrados hoy sólo responda a la reducción en Nº de tests, más que a una disminución del Nº real de sintomáticos.
COVID-19: Evolución muertes / M de habitantes LATAM vs mundo al 26-May
Proyecciones 26/may
Las proyecciones actualizadas al 26 de mayo muestran una necesidad de camas UCI al alza, lo que lleva a un peak de entre 4.800 y 5.100 camas UCI hacia fines de junio. La actual capacidad de ventiladores se saturaría el 30 de mayo.
La tendencia de nuevos sintomáticos diarios lleva a pensar que el peak está aún distante, bastante más allá del 28 de mayo, lo que aumentará la presión sobre el Nº de camas UCI y ventiladores.
El caso de Irlanda, una mirada somera
Irlanda comenzó una cuarentena el 28 de marzo cuando acumulaba sólo 36 muertes. Luego de 7 semanas pasaron por un peak de casos durante la 3ª semana y un peak de muertes diarias la 4ª semana. Luego de una semana de haber terminado la cuarentena, aunque aún con medidas restrictivas, lograron bajar el número de muertes diarias prácticamente a cero.
Total de muertes a la fecha en Irlanda: 1606
El peak de muertes sucedió en medio de la cuarentena:
El peak de casos sucedió a 13-18 días de iniciada la cuarentena. Notar que hubo un segundo peak a los 26-29 días de iniciada la cuarentena:
25 de mayo, 2020
Tests
Fuerte alza en % de positivos, % de sintomáticos y Nº de nuevos casos totales, respecto de últimas 4 observaciones. Podría ser indicio de que el peak caerá más allá del 28 de mayo.
COVID-19: Evolución muertes / M de habitantes LATAM vs mundo al 25-May
Muy interesante es la evolución de Alemania, que aparentemente logró aplanar la curva de mortalidad en torno a 100 muertes por millón de habitantes, unos 30 días después de mostrar una inflexión cuando iba en torno a 30-40 muertes por millón de habitantes.
Proyecciones 25/may
Las proyecciones de necesidades de camas UCI y de ventiladores actualizadas al 25 de mayo muestran un alza en camas UCI a 4.700-4.900 hacia la cuarta semana de junio. La actual capacidad de ventiladores se saturaría el 28 de mayo. A juzgar por la forma de la curva de nuevos sintomáticos, no parece que el 28 de mayo fuese a producirse el peak, lo que sería una mala noticia para el ya cargado sistema de salud.
24 de mayo, 2020
Tests
Leve alza en % de positivos, sintomáticos y Nº de nuevos casos totales respecto del día anterior, con menos tests que los tres días anteriores. Es deseable volver a incrementar el Nº de tests diarios de manera que el % de sintomáticos baje nuevamente al entorno de 10-15% y así no perder tanta visibilidad de dónde están los enfermos de más riesgo, algo necesario para una buena toma de decisiones.
COVID-19: Evolución muertes / M de habitantes LATAM vs mundo al 24-May
Leve estabilización de la tendencia alcista en número de muertes diarias lleva a la curva de mortalidad de vuelta a un comportamiento lineal estos últimos 4 días.
Proyecciones 24/may
Al día de hoy 24 de mayo se proyecta una necesidad de entre 4.500 y 4.800 camas UCI hacia fines de junio. Actual capacidad de ventiladores se saturaría el 28 de mayo.
El punto de saturación de la capacidad de ventiladores lo calculo en base a los ventiladores disponibles informados diariamente por MINSAL, y a la proyección de mi modelo "causal" de pronóstico de uso de ventiladores (haré prontamente una explicación más detallada en el post introductorio de los modelos de pronóstico utilizados aquí, ver http://sergiomendoza-covid.blogspot.com/2020/05/introduccion-al-blog-covid-19-chile.html).
NOTA: La fecha 28 de mayo seleccionada para situar el peak de sintomáticos es arbitraria, basada en observaciones más bien cualitativas de lo que hemos visto en otros países y en ciudades y comunas donde se ha aplicado una cuarentena total luego de un alza acelerada de contagios. Aquí asumí que después de 13 días de cuarentena total veríamos el inicio de una caída de la curva de sintomáticos. Espero no estar siendo demasiado optimista con este supuesto, pues si la penetración de los contagios era ya demasiado alta el día de inicio de la cuarentena, perfectamente podría suceder que el peak se extendiera bastante más allá que el 28 de mayo.
23 de mayo, 2020
Tests
Tests
Observamos leve baja en % de positivos y sintomáticos pese a similar (o incluso levemente inferior) Nº de tests realizados, lo que conlleva un menor Nº de nuevos casos.
COVID-19: Evolución muertes / M de habitantes LATAM vs mundo al 23-May
La principal pregunta abierta hoy es si seguiremos el camino de los "mal comportados" de LATAM o podremos enmendar el rumbo a tiempo como lo hizo Alemania. El colapso del sistema de salud parece inminente al proyectar el Nº de camas UCI necesarias y el Nº de ventiladores necesarios de aquí a fines de junio. Dicho colapso nos llevaría definitivamente por el camino de los "mal comportados". No obstante, tampoco podemos descartar la posibilidad de que una cuarentena estricta y suficientemente larga en la RM y regiones más afectadas (a esta altura pareciera que necesitaremos al menos 4 semanas para revertir el moméntum de la pandemia), sumada a una ágil y eficiente gestión de los escasos recursos, pudiera surtir el efecto deseado en desacelerar y reducir a tiempo la tasa de avance de los contagios.
Proyecciones 23/may
Al día de hoy 23 de mayo se proyecta una necesidad de entre 4.350 y 4.650 camas UCI hacia fines de junio. El Nº de camas UCI sigue siendo una preocupante ruta crítica del sistema. Por otro lado, en base al Nº de ventiladores disponibles informados por el MINSAL, tenemos capacidad de ventiladores para pacientes COVID hasta el 27 de mayo (asumiendo que los disponibles se reservan sólo para pacientes COVID). Lamentablemente, pese a que se han incorporado nuevos ventiladores al sistema, esta fecha proyectada de saturación de la capacidad de ventiladores no se ha movido del 25-27 de mayo en varios días.
¿Cuánto durará el peak de contagios?
Es muy difícil estimar cuánto durará el peak de la curva de contagios diarios y cuánto daño causará, pues hemos visto diversos comportamientos, los que dependen de múltiples variables. Además, es importante recordar que el peak no necesariamente es único, podemos tener múltiples peaks dependiendo de la estrategia de confinamiento que utilicemos. En particular, si el peak que esperamos en vista de la actual cuarentena total de la RM y de algunas otras comunas alcanzara a saturar al sistema (que hoy pareciera el escenario inminente), mientras más largo el peak más daño nos hará. En el caso optimista de que el peak no alcanzara a saturar el sistema el daño sería mucho más acotado y tal vez lograríamos revertir pronto la tendencia de la curva de mortalidad. En cualquier caso, el peak esperado de la curva de contagios diarios responde en gran medida a la estrategia de contención definida por las autoridades y a cuánto la población respeta las medidas. Parece prudente mantener la cuarentena al menos hasta tener suficiente evidencia de que la curva de nuevos sintomáticos esté decreciendo decididamente, y luego de eso seguir manteniendo medidas de cuidado especiales sobre segmentos de más riesgo y cuarentenas enfocadas en aquéllos que siguen activos.
En resumen, en base a lo que hemos podido ver en otros países y en las comunas de Chile que se han sujeto a cuarentenas anteriormente y dada la complejidad demográfica de la Región Metropolitana, las primeras señales de saturaciones locales del sistema de salud, las proyecciones de camas UCI y ventiladores, no parece sensato una cuarentena de menos de 4 semanas. E incluso así, dado el moméntum acumulado de la pandemia y su efecto retardado sobre el sistema, las proyecciones actuales nos muestran que tendremos el sistema saturado por mucho tiempo, al menos hasta mediados o fines de julio.
22 de mayo, 2020
COVID-19: Evolución muertes / M de habitantes LATAM vs mundo al 22-May
Desde el 14/may la curva de mortalidad de Chile sigue una trayectoria similar a la de México (con unos 10 días de desfase), tornándose convexa. Veremos en los próximos días si seguimos el no deseable camino de México, Brasil y Perú, o logramos la inflexión de la curva de mortalidad que logró Alemania cuando iba en torno a las 33 muertes por millón de habitantes. En todo caso, si algo podemos aprender de aquéllos países cuyas curvas se hicieron convexas, es que cualquiera de los dos caminos que tome la curva, el de Alemania o el de Brasil, éste será muy largo.
Tests
Sube % de positivos y sintomáticos respecto del día anterior a similar volumen de tests, reflejando quizá que sigue alza en penetración de contagios, o tal vez una "mejor puntería" de la muestra de hoy (recordemos que son muestras proactivas dirigidas a segmentos de más probabilidad de contagio), o una simple fluctuación estadística de la muestra. (NOTA: agradezco aquí la observación hecha por
Sube % de positivos y sintomáticos respecto del día anterior a similar volumen de tests, reflejando quizá que sigue alza en penetración de contagios, o tal vez una "mejor puntería" de la muestra de hoy (recordemos que son muestras proactivas dirigidas a segmentos de más probabilidad de contagio), o una simple fluctuación estadística de la muestra. (NOTA: agradezco aquí la observación hecha por
En vista del tamaño de la muestra de tests,
¿qué fluctuación debiéramos esperar en % de positivos y % de sintomáticos? Tarea para la casa...
Proyecciones
Mi modelo de pronóstico ajusta desde ayer fuertemente al alza el pronóstico del peak de camas UCI. Actual capacidad de ventiladores informada por MINSAL se saturaría el 27/may.
21 de mayo, 2020
Tests
Baja % de positivos y sintomáticos respecto del día anterior, probablemente explicado por un mayor volumen de tests, manteniéndose el volumen de nuevos positivos similar al del día anterior.
Evolución muertes / M de habitantes LATAM vs mundo al 21-May
Chile desde el 14 de mayo mostrando tendencia similar a la de México. Esperemos que la cuarentena total de la RM y algunas comunas fuera de la RM vuelvan a reducir la pendiente de la curva de mortalidad.
Proyecciones
Vuelve a crecer y se vuelve a despegar el pronóstico de camas UCI del pronóstico de necesidad de ventiladores mecánicos (o "respiradores"). Probablemente hay un efecto en el modelo de pronóstico producido por las fuertes fluctuaciones en los números de sintomáticos producto a su vez de las fuertes fluctuaciones en los números de tests diarios. Vemos que entre el 20 de mayo y hoy 21 de mayo el peak de sintomáticos (proyección lineal basada en las 15 últimas observaciones) pasa de unos 3.800 a sobre 4.200 producto del alza de sintomáticos en las últimas 15 observaciones, lo que está desplazando y haciendo subir fuertemente el peak de camas UCI, hacia de fines de junio. En parte esto se explica también por el hecho de que el modelo está optimizando hoy con I = 43, es decir, asume que los pacientes se están quedando 43 días en camas UCI (lo que pareciera un exceso, pero es el modelo que mejor ajusta a las últimas 14 observaciones reales). Entonces, pequeñas diferencias en el peak de sintomáticos pueden producir abultadas diferencias en el peak de camas UCI, al permanecer los pacientes resultantes de estos sintomáticos por largo tiempo ocupando camas UCI. Esto hace sin duda menos confiables los pronósticos más allá del 10 de junio. Deberemos esperar algunos días para observar si el comportamiento de las proyecciones se estabiliza.
Por qué la vacuna podría tardar menos de lo habitual
¿Una prueba del real avance de la ciencia en la última década?
20 de mayo, 2020
COVID-19: Evolución muertes / M de habitantes LATAM vs mundo al 20-May
Chile sigue despegándose negativamente del conjunto de países que muestran evoluciones lineales estables de la mortalidad en el tiempo. Detrás de este abrupto cambio de comportamiento en la evolución de la mortalidad desde el 14/may hay varias posibles explicaciones: (a) la penetración del virus alcanzó a segmentos de mayor letalidad; (b) el fuerte incremento en el número de tests ha permitido identificar más contagiados y, por lo tanto, registrar más muertes por causa del COVID; (c) ya estamos sufriendo las primeras saturaciones locales del sistema de salud, impidiendo atender oportunamente a algunos enfermos graves; etc.
Proyecciones
Proyecciones de necesidad de camas UCI y ventiladores al 20/may (c/4 semanas de cuarentena total en RM y peak de sintomáticos el 28/may). El modelo pronostica un peak de 2.400 a 2.600 camas UCI a mediados de junio. La actual capacidad de respiradores (asumiendo que el 100% de los disponibles se reservarían para COVID) se saturaría el 26 de mayo. Si bien la información que han transmitido las autoridades respecto del Nº de ventiladores que se estarían disponibilizando a lo largo de las próximas semanas pareciera asegurar capacidad suficiente en esta variable, no contamos en forma análoga con la información diaria de disponibilidad de camas UCI, que hemos proyectado desde hace un tiempo ya (con la información que esporádicamente se ha publicado en medios) como la ruta crítica de colapso del sistema.
Tests
Un alto % de sintomáticos sugiere un Nº insuficiente de tests para poder capturar a un buen % de los sintomáticos que requieren atención. El Nº de nuevos sintomáticos superó el del día anterior pese a haberse realizado menos tests. Esto podría ser señal de un fuerte aumento real de los sintomáticos, por encima de lo que ha crecido el Nº de tests, o tal vez puede ser señal de que hay resultados de tests que estaban rezagados.
19 de mayo, 2020
COVID-19: Evolución muertes / M de habitantes LATAM vs mundo al 19-May
¿Se hacen suficientes tests en Chile?
El ideal sería testear a toda la población. Sin embargo, no hay presupuesto para eso. El "second best" sería realizar muestreos estadísticos para estimar la evolución en el % de contagiados sobre la población total, el % de inmunes y el % de susceptibles, datos que serían de gran utilidad para planificar lo que viene, entender la velocidad de propagación del virus, cuánto tiempo nos queda de pandemia, etc. Si tampoco tenemos presupuesto o prioridad para eso, entonces la estrategia de testeos proactivos dirigidos sobre poblaciones de alta probabilidad de contagio y de enfermarse gravemente al menos nos permite identificar a un % de las personas con más riesgo vital, atenderlas tempranamente, dejarlas en cuarentena, etc. Pero ¿cuántos tests habría que realizar para asegurarnos de que identificamos a un % relevante de las personas que pueden caer en riesgo vital? Difícil pregunta... Aquí un gráfico que muestra cómo ha evolucionado el % de positivos sobre los tests realizados. Este % se ha movido entre 15% y 25% en la última semana, bastante por encima del 10% a 15% que traía hasta fines de abril. Por un lado esto puede significar que con la nueva metodología le estamos apuntando mejor a los enfermos, pero por otro lado esto también nos dice que se nos pueden estar quedando muchísimos fuera de la mira:
Proyecciones
Vemos que ya con suficiente data de los tests proactivos introducidos desde el 30 de abril, los modelos de pronóstico, que automáticamente eligen el mejor ajuste a las últimas 14 observaciones, muestran hoy importantes ajustes en la selección de los parámetros (anticipación y permanencia). Lo bueno es que este ajuste contrajo fuertemente el pronóstico de uso de camas UCI a cerca de 2.200-2.300 (se cruza ahora con el pronóstico de respiradores, pero asumo que un respirador requiere una cama UCI), versus las 3.000-3.200 que estaba pronosticando hasta ayer. Habrá que esperar algunos días para ver si las nuevas observaciones confirman este pronóstico o no. En caso de confirmarse estos nuevos pronósticos serían buenas noticias, aunque igualmente será muy difícil para el sistema de salud poder alcanzar esos niveles de cobertura de camas críticas. Es importante recordar que estas simulaciones están hechas asumiendo que la cuarentena total de la RM dura 28 días, en vez de los 7 establecidos por la autoridad originalmente. Viendo la experiencia de otros países creo que 7 días de cuarentena es altamente insuficiente para provocar el peak necesario para reducir (o, deseablemente, evitar) el colapso del sistema de salud. Creo que 21 días de duración sería lo mínimo prudente para esta cuarentena de la RM, de lo contrario arriesgamos salir de la cuarentena sin peak y con un alto riesgo de mantener colapsado el sistema por muchas semanas más provocando un número de muertes mucho mayor.
Una pregunta pendiente a responder es ¿cuál sería el escenario más probable si las autoridades no extendieran la cuarentena originalmente definida de 7 días para la RM? Tarea para la casa...
18 de mayo, 2020
COVID-19: Evolución muertes / M de habitantes LATAM vs mundo al 18-May
La nueva tendencia observada en mortalidad desde el 14/may vuelve a ser lineal, pero con una pendiente (tasa de mortalidad diaria) que es más del doble que la que traía hasta el 13/may.
Desde hace varias semanas ha habido discusión, análisis y evidencia respecto de que la mayoría de los países estarían sub-contando las muertes por COVID-19. El sub-conteo se explicaría principalmente porque pocos países están registrando correctamente las muertes provocadas directamente por COVID-19 pero que suceden fuera de los centros de salud, de pacientes que nunca fueron (esto sin contar aquellos pacientes de otras enfermedades y condiciones que indirectamente mueren por saturación del sistema de salud provocada por el COVID-19).
¿Podría esto explicar en parte el abrupto salto en la tasa de mortalidad COVID-19 registrada en Chile desde hace algunos días?
Es una hipótesis plausible: el aumento de tests proactivos desde el 30 de abril permitió descubrir y registrar correctamente un mayor números de pacientes sintomáticos que tal vez hasta el 29 de abril simplemente pasaban desapercibidos y algunos de ellos morían en sus hogares sin llegar a un centro de salud y sin ser su causa de muerte diagnosticada correctamente.
Proyecciones
Proyecciones de necesidad de camas UCI y respiradores al 18/may asumiendo 4 semanas de cuarentena total en RM y un peak de sintomáticos el 28 de mayo.
Buenos indicios
"...these data substantiate our belief that mRNA-1273 has the potential to prevent COVID-19 disease and advance our ability to select a dose for pivotal trials,” Dr. Tal Zaks
17 de mayo, 2020
COVID-19: Evolución muertes / M de habitantes LATAM vs mundo al 17-May
El quiebre de tendencia en la mortalidad que se observa desde el 14 de mayo es una clara señal de un significativo crecimiento en el Nº total de contagiados, pero también podría estar reflejando -tal como hemos dicho con anterioridad- las primeras señales de saturación del sistema, específicamente saturación local en disponibilidad de camas UCI, personal de salud, etc.
Proyecciones
Hoy sube el pronóstico de peak en uso de camas UCI, superando las 3.000 hacia la 4ª semana de junio. Supuestos: (1) pronóstico lineal de sintomáticos basado en últimas 15 observaciones, con peak simétrico el 28/mayo, (2) 21 días de cuarentena total en RM.
Nota acerca de los "pronósticos extendidos": Los "pronósticos extendidos" de uso de camas UCI y respiradores los elaboré para poder anticipar el punto de saturación del sistema y el volumen máximo de recursos (camas UCI y respiradores, en este caso) que se requerirán durante la evolución de la pandemia en Chile. Estos pronósticos tienen la limitación de estar hechos sobre una proyección de sintomáticos hasta el día de término hipotético de la cuarentena. Es decir, tienen un alto nivel de incertidumbre implícita (doble pronóstico, supuesto de fecha de peak de sintomáticos, supuesto de duración de la cuarentena, supuesto de comportamiento de sintomáticos después del peak, etc), por lo que hay que tomarlos con la debida cautela.
16 de mayo, 2020
Tres observaciones consecutivas confirman fuerte cambio al alza en tendencia de mortalidad (muertes por millón de habitantes) en Chile, cuya evolución se despega del comportamiento lineal que traía en el último mes y medio. En base a la experiencia que hemos visto en otros países del mundo y la región, en general un comportamiento convexo de la curva de mortalidad va de la mano del colapso del sistema de salud, situación altamente no deseable.
Esta alza repentina en la tendencia de muertes podría reflejar al menos dos posibles causas:
(1) alza real en tendencia de contagios desde fines de abril, con crecimiento de penetración en segmentos de más riesgo y letalidad. El alza real en la tendencia de contagios es una hipótesis que surgió el 30 de abril a propósito del salto discreto presentado por el Nº de tests positivos, desde que la autoridad introdujo los tests proactivos.
(2) primeras señales de saturación del sistema. Hemos visto en las noticias que ya existe saturación local en algunas comunas, que la autoridad sanitaria ha manejado trasladando pacientes a unidades de otras comunas o ciudades. Es muy probable que la saturación local esté provocando muertes por falta de atención oportuna, que abultan la curva de mortalidad.
COVID-19: Evolución muertes / M de habitantes LATAM vs mundo al 16-May
Notas:
1. El gráfico anterior muestra la evolución comparada diariamente de la mortalidad (muertes por millón de habitantes) según data extraída de Worldometer y del MINSAL, para una muestra de países de Latinoamérica y del mundo, desde el día en que cada país sobrepasó una muerte por millón de habitantes.
2. En general países con medidas de prevención de contagios más tempranas y más restrictivas (ej cuarentenas totales, cierres de fronteras, etc) y/o con mediciones y controles más intensos, han logrado una evolución lineal y más horizontal de la curva de mortalidad. En este gráfico Chile se encontraba hasta hace unos días en el conjunto de países que lograba una evolución lineal de la mortalidad (junto con Colombia, Argentina, Uruguay, Sur Korea, Australia). Aunque la evolución de Chile presentaba en el último mes y medio una pendiente siempre mayor que las del resto de los países de comportamiento lineal, las evoluciones no lineales, o convexas, de aquellos países de políticas más liberales o tardías respecto de la pandemia (los casos de Perú, Brasil, Ecuador, México en el gráfico), se alejaban de Chile en forma creciente en el tiempo..
Proyecciones
Las proyecciones de uso de camas UCI y respiradores, muestran que de estas dos variables, las camas UCI son ruta crítica hacia la eventual saturación del sistema de salud (esto no quita que pueda haber variables que no estemos siguiendo aquí que podrían ser más críticas, como por ejemplo, el personal médico disponible para atender pacientes UCI).
Al simular una evolución lineal de los sintomáticos a partir de mañana, realizada con las últmas 15 observaciones, con un peak teórico simétrico el 28 de mayo, nuestro modelo de pronóstico de camas UCI predice un peak de uso de entre 2.500 y 2.700 camas UCI durante la 2ª quincena de junio, y un peak de uso de respiradores de entre 1.800 y 2.000 durante la 2ª a 3ª semana de junio.
¿Son los ventiladores mecánicos la panacea?
Los ventiladores mecánicos salvan vidas pero no son la panacea...:
15 de mayo, 2020
COVID-19: Evolución muertes / M de habitantes LATAM vs mundo al 15-May
¿Es la letalidad del COVID baja o alta en Chile?
Veo al menos 3 razones por las que Chile ha mantenido bajas tasas de "letalidad aparente". Digo "aparente" porque en realidad no se está midiendo la letalidad, sino que se usa erróneamente la palabra "letalidad" para referirse al cuociente entre muertes y tests positivos... Estas razones son:
1) Chile es el país de LATAM con la mayor tasa de tests por millón de habitantes. Más tests conllevan más positivos, que a igual mortalidad se traduce entonces en un mayor denominador, reduciendo la "letalidad aparente".
Ej: Chile con 100 muertos, 100.000 tests y 10.000 positivos vs país X con 100 muertos, 10.000 tests y 1.000 positivos (asumiendo 10% de positivos en ambos países) ==> Chile: "letalidad aparente" = 100 / 10.000 = 1%, vs país X: "letalidad aparente" = 100/ 1.000 = 10%
2) Chile aún no choca contra "muro de contención" de capacidad sanitaria. Las cuarentenas dinámicas mantuvieron mortalidad (muertes/mill. de habs) evolucionando linealmente hasta ahora. Cuando el "tren choque contra el muro" veremos evolución convexa, dispararándose la letalidad.
3) Hay múltiples otras razones que creo son de menor peso pero que aportan a explicar una menor letalidad en Chile: 3.a) Mix etáreo, 3.b) densidad de población, 3.c) % de aislamiento de ancianos, etc.
14 de mayo, 2020
COVID-19: Evolución muertes / M de habitantes LATAM vs mundo al 14-May
Leve cambio de tendencia lineal hacia convexa en la evolución de mortalidad en Chile -aunque todavía con muy pocas observaciones- podría estar reflejando primeros impactos de un alza real en tendencia de contagios desde fines de abril.
Proyecciones
El modelo de prónostico sigue proyectando saturación camas UCI el 26/may, asumiendo (a) total de 1.200 camas disponibles para COVID y (b) peak de sintomáticos el 25 de mayo con posterior caída lineal simétrica. Simulación proyecta peak de 2.300-2.500 camas UCI 3ª semana de junio.
¿Cuál sería el impacto de 6 días de atraso en el peak de sintomáticos?
Según este modelo simple, si el peak de sintomáticos sucediera el 31 de mayo entonces el peak de camas UCI crecería en 500, a un total de 2.800-3.000 camas hacia la 3ª-4ª semanas de junio:
13 de mayo, 2020
COVID-19: Evolución muertes / M de habitantes LATAM vs mundo al 13-May
Proyecciones
Hoy baja pronóstico camas UCI (pero sube Nº promedio de días de uso "I" a 30), por lo que saturación de camas UCI se retrasa al 26/may (asumiendo total de 1200 camas reservadas para COVID). Saturación de respiradores se proyecta para fines de mayo.
¿Alcanza a frenar el tren?
Aquí simulación asumiendo que cuarentena de RM logra revertir crecimiento de sintomáticos desde el 26 de mayo (peak el 25/5). Necesitaríamos entre 2.000 y 2.200 camas UCI, y entre 1.460 y 1.570 respiradores totales a mediados de junio.
10 de mayo, 2020
COVID-19: Evolución muertes / M de habitantes LATAM vs mundo al 10-May
El Nº de muertes por millón en Chile sigue evolucionando sin haber quebrado la tendencia lineal que traía antes de la introducción de los testeos proactivos (30/abr). Es muy razonable pensar que éstos expliquen en parte importante el salto discreto observado en sintomáticos. Y, por consecuencia, ese salto en sintomáticos conllevó un abrupto cambio de tendencia en uso de camas UCI y ventiladores pues los médicos podrían ahora anticipar decisiones que hasta el 29/abr se tomaban tardíamente. Por un lado, el hecho de conocer más anticipadamente a los sintomáticos permitirá salvar más vidas, por otro lado esto llevará a que el sistema se sature antes.
Proyecciones
Las preguntas del millón hoy son:
(1) ¿saturaremos o no saturaremos el sistema?
(2) en caso afirmativo ¿cuándo?
Aquí un pronóstico de uso de camas UCI y respiradores, asumiendo que los nuevos sintomáticos siguen creciendo con la misma tendencia (lineal) que traen desde el 1 de mayo:
Según las cifras de disponibilidad de nuevos ventiladores hasta el 25 de mayo entregadas por el Minsal, si éstos no fuesen utilizados para otros fines, y si no crece la tendencia de nuevos sintomáticos, alcanzarían para cubrir necesidades proyectadas hasta el 31 de mayo al menos.
La principal alerta ahora es el Nº disponible de camas UCI. Al 7 de mayo se informó 73% de ocupación de camas UCI a nivel nacional, con 600 camas aún disponibles. Por lo tanto, el sistema podría saturarse alrededor del 18 de mayo, si los sintomáticos siguen la tendencia actual.
9 de mayo, 2020
Estudio desafía prejuicios en uso de cánulas nasales como alternativa a respiradores mecánicos: "HFNC prongs with a surgical mask on patient's face above could... be a reasonable practice which may benefit hypoxemic COVID-19 patients and avoid intubation."
8 de mayo, 2020
COVID-19: Evolución muertes / M de habitantes LATAM vs mundo al 8-May
En lo que respecta a evolución de muertes por millón de habitantes Chile ha mantenido tendencia lineal que incluso se aplana en últimos días, lo que es buena noticia, por el momento.
Otros países de la región, con políticas más tardías y/o laxas (Brasil, Perú, México), siguen creciendo en muertes por millón en forma más acelerada que Chile, mientras Colombia, Argentina y Uruguay, con medidas más estrictas y/o tempranas, lo hacen a tasas menores que Chile.
Proyecciones
Se confirman tendencias al alza de uso de camas UCI, y especialmente de respiradores, que quiebran las tendencias horizontales observadas hasta el 1 de mayo. Pronóstico de uso de respiradores ha acertado en las dos últimas observaciones, y pronostica sobre 700 a mediados de mayo.
Desde 6/may modelo de pronóstico de muertes sobrestima nuevas muertes sustancialmente. Como dijimos antes, podría explicarse en parte por nueva metodología de testeo desde 30 de abril, que estaría adelantando registro (y tratamiento) de sintomáticos, y en parte por alza de su tendencia real.
¿A qué se debe entonces el crecimiento en camas UCI y respiradores?
Dicho crecimiento también es bastante menor que pronóstico con modelo causal basado en sintomáticos. Entonces ¿podría explicarse porque la nueva metodología habría adelantado el uso de camas UCI y respiradores?
Creo que lo más razonable sería que fuese un efecto de ambas cosas: una tendencia al alza real de los nuevos sintomáticos diarios + un efecto de la nueva forma de testear que resulta en adelantar hospitalizaciones y respiradores producto de que anticipa más los tests.
7 de mayo, 2020
Proyecciones
¿A qué se debe entonces el crecimeinto en camas UCI y respiradores?
Dicho crecimiento también es bastante menor que pronóstico con modelo causal basado en sintomáticos. Entonces, podría explicarse porque la nueva metodología habría adelantado el uso de camas UCI y respiradores.
...aunque creo que lo más razonable sería que fuese un efecto de ambas cosas: una tendencia al alza real de los nuevos sintomáticos diarios + un efecto de la nueva forma de testear que resulta en adelantar hospitalizaciones y respiradores producto de que anticipa más los tests.
4 de mayo, 2020
COVID-19: Evolución muertes / M de habitantes LATAM vs mundo al 4-May
Hemos incorporado pronóstico de nuevas muertes en el gráfico de evolución de indicadores de Chile. Este pronóstico se extrae del modelo de pronóstico de muertes totales. Además, mantendremos monitorizado el pronostico de camas UCI y el de respiradores para el 9 y 10 de mayo respectivamente, para así poder compararlos contra el primer pronóstico que hicimos el 2 de mayo.
Las cantidades de camas UCI y respiradores pronosticadas probablemente irán creciendo esta semana producto de que el modelo va incorporando más observaciones con altos números de sintomáticos. Cuando observemos los datos reales de camas UCI y respiradores para el 9 y 10 de mayo respectivamente, tendremos evidencia directa para descartar o fortalecer la hipótesis de que el crecimiento abrupto del Nº de sintomáticos fue un cambio real en la tendencia del número de sintomáticos.
Es interesante observar que el modelo causal hoy aumenta abruptamente la anticipación en el pronóstico de respiradores, y retarda en 3 días el impacto del crecimiento del Nº de sintomáticos, respecto del 2 de mayo.
Pronto sabremos si salto discreto de sintomáticos se explica por aumento de tests proactivos o por cambio de tendencia (ideal sería que Minsal mantuviese separada la data de tests proactivos en vez de sumarla); pronósticos basados en nuevos sintomáticos (totales) se disparan...
2 de mayo, 2020
COVID-19: Evolución muertes / M de habitantes LATAM vs mundo al 2-May
Se observa crecimiento de muertes proyectadas producto de introducción de tests proactivos dirigidos a poblaciones de más probabilidad de contagio, que incrementaron abruptamente el Nº de sintomáticos desde el día 30 de abril. Esto desestabilizó el modelo de pronóstico. No sabemos aún si este aumento de sintomáticos refleja un cambio de tendencia real o sólo un aumento del tamaño de la muestra que pudo llevar a una anticipación en el registro de la cifra de sintomáticos, al incorporar pacientes en situación menos avanzada de la enfermedad.
Notas: el pronóstico de la evolución de muertes por millón de habitantes de Chile es realizado con un modelo "causal", donde asumo que un porcentaje p de los infectados registrados el día t-D mueren al día t. Para determinar D calculo la media y la desviación estándar de p sobre la muestra de las últimas 14 observaciones para un rango de posibles valores de D, y selecciono el D* que minimiza el cuociente entre la desviación estándar de p y la media de p sobre la muestra de 14 observaciones. De esta forma diariamente el algoritmo selecciona automáticamente el D que optimiza el ajuste de p a las 14 últimas observaciones.
Proyecciones
¿Cómo afectaría el abrupto crecimiento de sintomáticos, si éste fuese un real cambio de tendencia?
Un modelo "causal" de pronóstico de camas UCI y respiradores, arroja un retardo de 7 y 8 días, con un uso de 14 y 8 días respectivamente...
Es decir, el 9 de mayo estaríamos ocupando entre 574 y 620 camas UCI, y el 10 de mayo entre 502 y 566 respiradores. En caso de no tratarse de un cambio de tendencia real de sintomáticos probablemente veremos crecimientos mucho más moderados en uso de camas UCI y respiradores.
Notas: El modelo "causal" introducido aquí lo construí suponiendo que un cierto porcentaje p de los enfermos del día t-D se traducirán por primera vez en usuarios de camas UCI (y análogamente para usuarios de respiradores) el día t y que ocuparán dichas camas durante I días. Luego calculo el p correspondiente sobre una muestra de las 14 últimas observaciones disponibles para múltiples combinaciones de D e I, y me quedo con aquélla combinación (D*,I*) que minimiza el cuociente entre la desviación estándar de p y la media de p calculados sobre la muestra de 14 observaciones. De esta forma el modelo va seleccionando automáticamente día a día la combinación (D*,I*) que optimiza el ajuste de p a la muestra de 14 observaciones.
Surcoreanos descubren que las recaídas podrían no ser tales:
Comentarios
Sería de mucha utilidad si pudieras explicar cómo se calcula un peak en términos de tiempo, qué se asume para qué se dé ese punto de inflexión y cómo se determina su duración y cantidad de casos, etc. (entiendo que hay varios posibles modelos).
Un abrazo!
Dicho lo anterior, puse el peak el día 28 de mayo, es decir, 12 días después del inicio de la cuarentena total de la RM y algunas otras comunas (teniendo en cuenta que las cifras que se publican el 28 representan la foto del 27), observando lo que ha sucedido en países y ciudades donde se hicieron cuarentenas estrictas. Pero puede que me esté pasando de optimista... especialmente considerando que la RM tiene una compleja demografía y que no hemos sido muy estrictos en respetar las cuarentenas.
En todo caso, aunque esté siendo optimista en la fecha del peak, el colapso del sistema con esas proyecciones hoy se ve igual muy probable de aquí a algunas semanas más. Por otro lado, si pese a lo difícil que se ve el escenario lográramos una cuarentena "exitosa" y lográramos evitar el colapso del sistema, es decir, lográramos revertir la propagación del virus y reducir la tasa de mortalidad diaria, la todavía baja tasa de inmunidad que muestra ese estudio de la UDD sugiere que la post cuarentena igual podría ser un período de alto riesgo de rebrotes.